Первый Марийский государственный заповедник был организован 25 июля 1960 года на территории Звениговского района

Марийской АССР. В 1961 году он был закрыт.

На основании постановления Совета Министров РСФСР от 5 января 1968 года №5 «Об организации Марийского

государственного заповедника» заповедник вновь был открыт на территории Медведевского района Марийской АССР. Директором был назначен Г.Т.Коршунов. Управленческий аппарат заповедника состоял из 11 человек, в научном и инженерно-технических отделах работало 6 человек.

В августе-сентябре 1972 года в Марийской АССР прошли массовые лесные пожары. В результате пожаров выгорела основная

зона лесного массива заповедника.

На основании приказа Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 27 июня

1973 года №223 «О ликвидации деятельности Марийского государственного заповедника», постановления Совета Министров Марийской АССР от 5 июля 1973 года №621-р «О ликвидации Марийского государственного заповедника» заповедник был ликвидирован.

После ликвидации заповедника учеными республики неоднократно высказывались пожелания о создании в республике

заповедной охраняемой территории. На основании распоряжения Совета Министров Марийской ССР от 8 октября 1991 г. №381-р. была создана экспертная комиссия по вопросу выбора территории государственного заповедника в Марийской ССР, в состав которой вошли специалисты Государственного комитета Марийской ССР по охране природы, ЛХТПО «Марилес», ученые Марийского педагогического института им. Н.К.Крупской и Марийского государственного университета, председатели райисполкомов советов народных депутатов Звениговского, Килемарского и Медведевского районов Марийской ССР. На основании заключений и предложений экспертной группы было принято решение об организации заповедника в бассейне реки Большая Кокшага с одноименным названием.

Государственный природный заповедник «Большая Кокшага» был создан на основании постановлений Правительства

Республики Марий Эл от 18 января 1993 года №16 «Об организации биосферного заповедника «Большая Кокшага», Совета Министров-Правительства Российской Федерации от 14 марта 1993 года №220 «О создании в Республике Марий Эл государственного природного заповедника «Большая Кокшага» Министерства охраны и окружающей среды и природных ресурсов Российской Федерации» в целях сохранения и изучения уникальных природных комплексов бассейна реки Большая Кокшага на территории двух муниципальных районов Республики Марий Эл – Килемарского и Медведевского площадью 22554 тысяч гектар. Директором заповедника был назначен А.И.Попов, старший архитектор Государственного природного национального парка «Марий Чодра» Республики Марий Эл.

В ноябре 1993 года был образован отдел по научной работе, его руководителем был назначен Ю.П.Демаков, заведующий

Марийским опорным пунктом Татарской лесной опытной станции.

15 декабря 1994 года в заповеднике был организован отдел экологического просвещения, пропаганды и информации, целью

которого было использование информационного, эстетического и рекреационного потенциала заповедника для воспитания экологической культуры населения. Руководителем отдела была назначена С.Н.Попова, методист заповедника.

В 1994 году начался набор инспекторов службы охраны для соблюдения порядка и охраны территории заповедника.

Летом 1995 года экспедицией Западного лесоустроительного предприятия (г. Брянск) было проведено лесоустройство

заповедника. Территория его была поделена на 97 кварталов.

20 февраля 2001 года Государственный природный заповедник «Большая Кокшага» был преобразован в Государственное

учреждение «Государственный природный заповедник «Большая Кокшага».

С 2004 года по настоящее время директором заповедника является М.Г.Сафин.

На основании приказа Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 27 февраля 2009 года №48

ГУ «Государственный природный заповедник «Большая Кокшага» был преобразован в Федеральное государственное учреждение «Государственный природный заповедник «Большая Кокшага». На основании приказа Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 25 мая 2011 года №468 ФГУ «Государственный природный заповедник «Большая Кокшага» был преобразован в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный природный заповедник «Большая Кокшага».

В настоящее время в заповеднике функционируют пять отделов: охрана заповедной территории, экологического просвещения,

отдел науки, обеспечения основной деятельности, бухгалтерского учета, экономического анализа и планирования. Всего в учреждении работают 30 сотрудников.

Заповедник «Большая Кокшага» – государственное природоохранное, научно-исследовательское и эколого-просветительское

учреждение федерального значения, цель которого сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем республики.