Научно-исследовательская деятельность в заповеднике направлена на изучение природных комплексов и долговременное

слежение за динамикой природных процессов с целью оценки, прогноза экологической обстановки, разработки научных основ охран природы, сохранения разнообразия биосферы, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов.

Научные сотрудники проводят комплекс мониторинговых работ на территории заповедника: регистрация температуры воздуха

на метеопосту, учет урожайности ягод клюквы, черники и желудей дуба черешчатого на пробных площадях, проведение зимнего маршрутного учета животных, измерение уровня воды на водомерном посту, температурного режима почвы и ее влажности, учет санитарного состояния деревьев. Результаты научно-исследовательских работ используются при проведении семинаров, конференций и публикуются в сборниках «Научных трудов заповедника «Большая Кокшага» и в книге «Летопись природы», отражающей мир заповедной природы.

На территории заповедника проходят полевую практику студенты экологических, биологических и лесохозяйственных

специальностей ФГБОУ ВО «Поволжский государственный технологический университет», ФГБОУ ВО «Марийский государственный университет», Набережночелнинского института (филиала) ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет». Студенты изучают почвенный и растительный покровы различных типов лесорастительных условий сосновых биогеоценозов, химический состав воды, проводят тахеометрические съемки на пробной площади, ведут учет орнитофауны, амфибий и рептилий.