Охрана территории заповедника «Большая Кокшага» осуществляется специальным отделом – государственной инспекцией по

охране территории заповедника. В 2001 году в заповеднике организована постоянная оперативная группа, состоящая из государственных инспекторов.

Государственные инспекторы выполняют план мероприятий по сохранению биологического разнообразия и поддержания в

естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов, выявлению и пресечению нарушений на территории заповедника, ведут разъяснительную работу среди населения, участвуют в различных слетах и конференциях по особо охраняемым природным территориям.

С работниками службы охраны регулярно проводятся семинары, учебные тренировки по тушению лесных пожаров.

Для эффективной и оперативной работы службы охраны территория заповедника разделена на два участка – северный и

южный, в пределах которых ведется рейдовая, патрульная и ремонтная работа (ремонт лесной дороги, обустройство кордонов).

На территории заповедника расположено три служебных помещения-кордона (деревянные дома с дровяником и баней) –

«Старый Перевоз», «Шимаево», «Аргамач».

На кордонах установлены информационные аншлаги (стенды), наблюдательная вышка, подготовлены три экспозиции под

открытым небом – «Охота народа мари», «Пчеловодство», «Рыбацкий дворик».