Заповедник «Большая Кокшага» является уникальным природным комплексом, центром нетронутой природы Марийского края.

По территории заповедника протекает 20 рек и речек – Шамка, Ин-Энер, Арья, расположено три озера – Шушьер, Кошеер и Капсино. Основная водная артерия заповедника – река Большая Кокшага – левый приток реки Волги.

Лесная зона занимает 95% территории заповедника. Преобладают хвойно-широколиственные леса. Еловые леса содержат

значительную примесь лиственных пород (осина, липа, берёза).

Одной из главных достопримечательностей заповедника являются пойменные дубравы. Деревья являются уникальными,

представляя собой устойчивое сообщество. Здесь можно встретить как молодые, так и деревья среднего и старшего возраста (свыше 200 лет).

На территории заповедника проживает более 180 видов пернатых, ведётся наблюдение за 50 видами млекопитающих. Мир

беспозвоночных животных представлен примерно 2300 видов.

Лесная фауна заповедника представлена такими животными, как лоси, зайцы-листопадники, белки, кабаны, волки, бурые

медведи, лисы, ласки, из птиц – трясогузка желтая, пестрый дятел и другие.

В лесах, на лугах и болотах произрастает 805 видов высших сосудистых растений. Обнаружено 410 видов грибов, 335 видов

лишайников. Это растения чина лесная, колокольчик широколистный, грибы телефора, опенок зимний, саркосцифа ярко-красная, лишайник эверния и другие.